眼见长岛一向一揆军在上杉军铁炮、佛郎机炮的轮番轰击之下溃不成军、乱成一团，但上杉定虎可不打算给出了长岛一向一揆军逃回去的机会，她当即挥舞采配，命马廻众高举乱龙旗，下令配下各部军势发起猛攻。
由于太田资正、里见义尧、佐竹义昭、穴泽氏清、岩城重隆、相马盛胤、大石定久、佐野泰纲等将在随上杉清定进入尾张境内后，一直没能立下什么战功。看着八条春纲、直江景纲、山本寺定长、善宗次、长尾当长、北条高定、前田庆次、八户治义、白井胤治等人不断立下活跃的战功，他们是看在眼里急在心里，总不能让那些领地靠近敌境，以及新参家臣将功劳全占了。
而山岸光重则是急于洗刷清洲城之战被织田信长击溃的耻辱，早就跃跃欲试。
当上杉定虎下达猛攻的命令后，上杉军各部就如同猛虎下山、饿鹰扑食一般，从各个方向向长岛一向一揆军攻去。
因下间赖旦所率本队已被长岛一向一揆军先手役溃兵冲散，还没等他下令重整队形组织反击，上杉军的骑马武士就已经突进至他本队前不足五十步的距离。
在混战之中，上杉军的武士、乡士、足轻无不奋勇当先、舍生忘死、攻战不休。
其中，上杉定虎麾下的福王寺孝重、大河户忠繁、渡边纲景、进藤家清、冈田重尧、宇野左马介、村田秀赖等家臣们本就是出身于府中长尾家，且身经百战，人人怀着必死之心上阵。所以，越是遇到强敌，他们的斗志越是勇猛。
而且，不论越中、能登、加贺、越前、三河、近江、伊势、摄津、和泉、河内等国之中的任何一支一向一揆众，人员构成无一例外地是良莠不齐、装备不全、战力低下，仅仅是看上去乌泱泱一片，显得人数众多罢了，实际上依旧是一群乌合之众。
作为一向一揆众主要战力的僧兵、浪人、乡士等，人数有限，只能作为先手役或拱卫本队来使用。一旦这些人遭到重创或者是被击溃了，那么其余一向一揆众也就不堪一击了。
长岛一向一揆军哪里是气势如虹、悍不畏死的上杉军的对手？
很快，长岛一向一揆军就在上杉军的凌厉攻势下彻底崩溃，队伍荡然无存，上下更是互不相识，完全组织不了像样的抵抗，大都互相践踏、四散而逃。
作为长岛一向一揆军大将的下间赖旦更是仅以身免，一人一骑狼狈逃回愿证寺之中。
不过，随下间赖旦一同出阵的下间赖成、下间丰前法桥、下间丰后法桥、下间赖重、太田甚兵卫（原斋藤家家臣）、长岛盛林坊、大木道玄等石山本愿寺坊官、长岛愿证寺坊官就没那么好的运气了，要么是被上杉军所讨取，要么是被铁炮或者是佛郎机炮击毙。
先前，被下间赖旦率领，且主动冲出愿证寺，向寺外上杉军发起佯攻的一万余长岛一向一揆军被俘三千余人，被讨取者更是达到了七千余人。
对于被俘的三千余长岛一向一揆众，上杉定虎考虑到此次上杉家是兴仁义之师，行讨逆之事，并没有打算进行杀降，便下令将那些被俘的长岛一向一揆众尽数押至愿证寺寺内町外示众，以震慑愿证寺之中意图负隅顽抗之人。
不仅如此，原本负责护卫使者下间玄赖冲出上杉军包围的服部政光（服部政秀，原织田弹正忠家家臣）、服部兴十郎父子在获知一万余长岛一向一揆军在愿证寺外被上杉军全歼后，皆惊惧不已。
与原伊势水军众旗头服部友贞不同，尽管服部政光也是出自尾张服部一族，但他与其父服部政家皆是出仕于织田弹正忠家。
服部政光本人不仅迎娶了尾张热田大宫司千秋家的庶流千秋式部少辅之女为正室，还作为织田弹正忠家水军众船大将，专门负责兵粮运输之事。
只是，因服部政光信奉一向宗，便被织田信长派去为三河一向一揆众输送粮草辎重。
没曾想，在上杉家的介入下，三河一向一揆众败亡的速度实在是超乎所有人的想象。
加上服部政光配下的两艘兵粮船被上杉家旗下的远江、骏河水军众击沉，使得他为了避免遭到主君织田信长的严惩，便带着儿子服部兴十郎乘坐最后一艘兵粮船逃往长岛愿证寺之中。
当时，长岛一向一揆众因服部友贞率伊势水军众倒向上杉家一方后，急需熟悉海运、海战之人。愿证寺证意、下间赖旦、下间赖成、下间丰前法桥、下间丰后法桥、下间赖重等长岛一向一揆众高层在经过商议后，便选择庇护服部政光、服部兴十郎父子，让其负责建设长岛一向一揆众的水军。
现如今，长岛一向一揆众经过石山派与长岛派的混战后，是元气大伤，哪里有能力去抵御上杉军的侵
攻？
再加上，上杉家早就对伊势湾海域进行了全面封锁，还有志摩水军众站在上杉家一方，服部政光可是清楚自己有几斤几两，他可没有胆量以一艘关船去挑战伊势、尾张、志摩、三河、骏河、伊豆、相模等国的水军众。
于是，服部政光、服部兴十郎父子便很快达成一致，也不继续驶向伊势楠木家领内，反而是调转船头，直接驶向了桑名郡大岛，通过正出仕上杉家的同族服部友贞向上杉家投降，并将下间玄赖以及携带的密信交给了上杉定虎。
随后，城外示众的俘虏就多了一个下间玄赖。
当长岛一向一揆军在愿证寺寺外惨败，且只剩下下间赖旦一人一骑逃回愿证寺后，不单单是愿证寺证意，法泉寺空明（香取法泉寺住持）、三好长延（阿波三好家庶流）等人皆是对此怒不可遏。
愿证寺，以及寺内町之中的长岛一向一揆众本就只有两万余人，被下间赖旦一战打没了一半兵力。而且，其中还有不少有力坊官、僧兵、乡士、浪人等，留守在愿证寺之中的，大都是老弱妇孺，根本难以一战。若是想要继续坚守下去，得要有个主心骨，以及有力外援才是。
眼下，长岛一向一揆众屡战屡败、丢城失地、损兵折将，就算是名义上的住持愿证寺证意都无法来收这烂摊子。加上原计划派出的使者下间玄赖也被俘，使得长岛愿证寺与外界完全中断了联系。
作为长岛愿证寺下辖分寺住持的法泉寺空明，他原本是站在石山派一方，想着跻身至长岛愿证寺的决策层中，获得更多的权力和寺领。
可是，当伊藤行秀、伊藤实伦、伊藤祐直、伊藤藏人、伊藤缝殿助、樋口亲氏等长岛派长岛一向一揆众诸将在濒临覆灭之际，引来了上杉家介入后，一切都变了。
法泉寺空明不仅没能获得更多权力，就连自己的根本之地法泉寺都被上杉军所捣毁。在万般无奈之下，只能率残部逃入愿证寺之中苟延残喘。
虽说三好长延也是石山本愿寺派来下向至长岛愿证寺的坊官之一，但他可与下间赖旦、下间赖成等好战分子不同，还是保持了一定的理智。
再怎么说，上杉清定在继承了越后上杉家的家名后，就放开了信奉一向宗的限制，并废除了‘无碍光众禁止令’，还将一向宗之中德高望重，且作为本愿寺一家众之一的本誓寺超贤迎入越后，为其重建本誓寺。这些举动，让上杉清定赢得了北陆道诸国之中不少一向宗信徒的好感。这就使得上杉家后续经略越中、佐渡、能登、越前、飞驒等一向宗影响力较大的令制国时，所受到的阻力较低。
不论古今中外，一个国家征服另一个国家后，被推到前面去控制地方的，往往就是那些服务于征服国的，被征服国的精英人物。
随着出愿证寺的一万余长岛一向一揆军全军覆没，以及求援使者下间玄赖被俘后，愿证寺上下顿时丧失了战意，以法泉寺空明、三好长延等人为首的分寺住持、坊官，皆心生投降之意。
毕竟，上杉家对待主动投降之人，可不会肆意举起屠刀的，除了那些引起公愤之人。
像下间赖旦这样心思歹毒、嚣张跋扈、擅意妄为、乏善可陈之人，就成了愿证寺投降的最大阻力。
为了避免战后遭到上杉家的清算，愿证寺证意、法泉寺空明、三好长延等人在经过一番商议后，就达成一致，将罪责尽数推给下间赖旦、下间赖成、下间丰前法桥、下间丰后法桥、下间赖重等石山本愿寺下向长岛愿证寺的高级坊官，将自己营造成被他们长期迫害的对象。
而后，愿证寺证意、法泉寺空明、三好长延等人便以召开军议为由，在愿证寺的佛殿中设下伏兵，并诱骗下间赖旦前来。
由于下间赖旦麾下的僧兵尽数于寺外被上杉军歼灭，使得他如今与孤家寡人无异。在接到愿证寺证意召开军议的邀请后，认为眼下愿证寺之中尚有与自己交好的法泉寺空明，以及同样出身于石山本愿寺坊官的三好长延等人，也没做多想，便欣然前去。
等下间赖旦一进入佛殿之中，早就埋伏在大门两侧的僧兵们就将紧握的薙刀分别刺入其左肋、右肋。
当下间赖旦还想做出反抗之际，三好长延便抽出腰间的太刀，在一阵寒光过后，便将下间赖旦的首级斩下。
之后，愿证寺证意就让法泉寺空明作为使者，将下间赖旦的首级送往上杉军本阵之中，表示愿证寺愿意开城投降，请求上杉家的赦免。
面对愿证寺的请降，上杉定虎也不拒绝。
在上杉定虎看来，上杉家眼下的主要目标是西进上洛、讨伐伪朝，并不是对一向一揆众斩尽杀绝，更不是彻底压制伊势一国全境。
若是与长岛一向一揆众的战事迁延日久，上杉军的粮草辎重消耗可是与日俱增，士气和战意还有可能被消磨。
即便上杉定虎代表主君上杉清定接受了长岛愿证寺的降服，她可没有继续让长岛愿证寺保持武装的想法。在近十万上杉军的注视下，愿证寺证意、法泉寺空明、三好长延等人只得让愿证寺之中残存的一向一揆众交出所有武器，以及破却愿证寺、寺内町之中的所有箭橹、望楼等防御设施，并对一向一揆众进行遣散。而且，愿证寺证意、法泉寺空明、三好长延等人还需要前往尾张古渡城，向上杉清定请罪。
作为师从高僧天室光育的上杉定虎，深知若是在没有准备的情况下突然大军被断了归路的，不论古今中外，几乎没有全身而退的！如果往前再接着打，那么由于归路被断，后续的粮草运不上来，自己也容易面临着两线夹击。如果回军，那么后面又容易被敌军主力追击，同样还可能是两线夹击。
最为著名的例子就是威震华夏的武圣关羽。
就算关羽斩庞德、捉于禁，水淹七军，史载‘羽威震华夏’！在前方打的曹操都差点迁都，就连邺城这个曹魏首都风声鹤唳！但后方一旦被缺乏全局眼光的大魏吴王孙权捅了刀子，马上就扛不住了。
后来整个魏国朝堂对于蜀汉的态度就是——蜀，小国尔，名将唯羽。
至此，盘踞在伊势桑名郡杉江庄境内近六十年的长岛一向一揆众彻底覆灭。曾经鼎盛时期拥有寺领十万石、信徒十余万人的长岛愿证寺再也无法割据一方，恢复曾经的辉煌。
与此同时，曲直濑道三、曲直濑玄朔、藤林正保、多罗尾光俊、多罗尾纲知等人在经过千辛万苦后，终于将方仁亲王护送至上杉家治下的若狭境内，并获得了柿崎景家、斋藤朝信、山名祐丰、一色义幸、神余亲纲、河田元亲等人的庇护。
身在尾张古渡城的上杉清定在获知方仁亲王逃出生天后，感到非常高兴，当即下令柿崎景家、斋藤朝信等北陆道上杉军诸将负责派兵沿途护卫，务必将方仁亲王安全护送至美浓岐阜城，沿途诸城务必以迎接自己的规格对待方仁亲王，违者一律严惩不贷。