随着上杉家在东国各地的统治稳如磐石，以及完全消除后顾之忧后，两越能三国同盟也因匠作畠山家内部突生变故而开始迅速崩坏。
加上朝仓宗滴病逝以后，朝仓义景已拿回家督实权，他并不愿甘心屈居于上杉家之下，不断接受来自足利将军家授予的免许，与上杉家之间的关系已是貌合神离。
而且，若狭武田家方面也因武田信丰的重返若狭，逸见昌经、武藤友益、本乡泰茂、内藤五郎左卫门、寺井源左卫门等家中重臣们纷纷派遣使者前往灵云寺，请求武田信丰再度出山，夺回大权。
在这样的形势下，神余亲纲发觉自己很难继续在京都为上杉家贩卖青苧了。
因前不久在日吉大社遭到暗杀，神余亲纲便打算撤出京都，前往上杉家旗下大名丹后一色领进行避难。毕竟，上杉家可不只靠青苧来获得财政收入。
单单是越中、越后、佐渡三国各海港征收的船道前就不下于五万五千贯文铜钱，更别说远江、骏河、伊豆、相模、武藏、常陆、下总、陆前、陆中、陆奥等国的海港了。
于是，神余亲纲就将眼下获得的青苧贸易收入中的绝大部分去近江国友村、和泉堺町两地分别购入铁炮、弹丸，并派遣河田长亲作为使者前往丹后一色家的本据建部山城，请求一色义幸派遣一部分军势于丹波、丹后两国的境目地带进行接应。同时，他还将先前遇袭以及准备撤入丹后之事上报至主君上杉清定处。
当然，神余亲纲还不忘为上杉家的青苧贸易做出很大贡献，且救下自己一命的河田一族。
神余亲纲一面做好撤离京都的准备，一面派人前往近江野洲郡河田乡，希望河田元亲能带着族人与自己一同前往丹后。
对于神余亲纲的邀请，河田元亲倒是打了个折扣——仅带上其三弟河田泰亲（河田重亲）、次男河田忠亲、从侄折下土佐守、从弟河田吉久等五十余人渡过琵琶湖前往丹后。其中还有不少女眷。
俗话说得好，不要把鸡蛋放在一个篮子里。
在河田元亲看来，三好家眼下实力依旧不容小觑，若是再算上朝仓家、六角家、赤松家等近畿有力大名们，上杉家还真不一定能顺利上洛。还不如让弟弟河田直亲作为河田家家督继续出仕六角家，以防不测。
与河田元亲两头下注不同的是，名医曲直濑道三（曲直濑正盛、曲直濑正庆）门下弟子之一的施药院全宗（丹波全宗）敏锐的察觉到近畿诸国的上空中已是战云密布，同时也是自己出人头地的最佳时机。
施药院全宗是平安时期著有《医心方》的名医丹波康赖之后，其祖父丹波宗清、其父丹波宗忠皆在出家为僧之时担任过权大僧都法印之职。他本人也曾经在比叡山延历寺中出家为僧，后担任比叡山延历寺所属分寺药树院的住持之职。
在此期间，施药院全宗就拜在曲直濑道三门下，学习汉方医学。同时，多次出售草药给神余亲纲。
随后，施药院全宗便借着开设医馆的名义，前往丹后，准备借机为上杉家效力，好在将来出人头地，成为上杉家的侍医，将其师曲直濑道三的医术发扬光大。
不仅神余亲纲想到邀请河田一族前往丹后，还想到之后的战事中，上杉家需要更多的铁炮，以及维护修理铁炮之人，便邀请了国友村的铁炮锻冶吉田总兵卫、堺町的铁炮锻冶和泉屋木工右卫门一同随自己前往丹后，以备不时之需。
而另一边，百地三太夫在暗杀神余亲纲失败后，便将河田一族从中阻挠之事告知了六角义贤。
这就使得原先深受六角义贤信赖的河田直亲失宠，不再担任六角义贤的近臣。
鉴于神余亲纲是上杉家的谱代重臣之一，向其下手就等于与上杉家撕破了脸。
故而，六角义贤在权衡再三后决定，加大对织田家的支援力度，并唆使安藤守就、稻叶一铁、氏家卜全、竹腰尚光等斋藤家重臣发兵南下，驰援织田家。意图将上杉家的势力完全驱逐出伊势、尾张两国。同时，他还不忘对长岛一向一揆众进行贿赂，请求愿证寺住持愿证寺证惠发兵牵制千种家、伊势楠木家、伊势水军众等站在上杉家一方之人，以此减轻织田家的压力。
与此同时，朝仓义景因上杉家派兵进驻丹后，以及匠作畠山家中发生变故，转而与六角家进行交好，并开始着手扶持武田信丰夺回若狭武田家的大权。
然而，还没等朝仓家、六角家协助武田信丰夺回若狭武田家的大权之时，就获知了其死讯。
就在逸见昌经、武藤友益、本乡泰茂、内藤五郎左卫门、寺井源左卫门等若狭武田家重臣们有意支持武田信丰再度举兵与其子武田义统展开对抗之际
，藤林正保率御庭番众伊贺组的二十名下忍进入了若狭境内。
原本，武田义统就非常不欢迎武田信丰的到来，对灵云寺的安保力度也不高，仅限于安排了一些物见用于监视，好获知到底家中有哪些人还暗中与其有所往来。
得益于灵云寺周边的安保力度不强，使得藤林正保几乎不费吹灰之力就获知了武田信丰所在之处，并于深夜带着二十名下忍潜入了寺中。
为了防止武田信丰有生还的可能，这一次藤林正保不打算使用传统的暗杀方式，反而是准备使用越后著名特产之一的草生水（石油）。
而后，藤林正保就命麾下的下忍们将武田信丰所住的长屋外轻轻浇上草生水。
待草生水遍布长屋后，藤林正保就将松明火把扔到了长屋门上，让整座长屋瞬间燃起大火。他与下忍们则是藏匿于长屋周边的暗处，静静观察着。
此时的武田信丰在闻到烧焦的味道，才后知后觉的醒来，但为时已晚。
就算灵云寺中的僧人发现长屋起火以及呼救声后，前来救火，却发现泼上去的水完全无法遏制长屋的火势。
最终，武田信丰所在的长屋被彻底烧毁，武田信丰本人还被烧成了一具焦尸，根本无法辨认。
目睹了整个过程，且武田信丰根本没有可能生还后，藤林正保才率下忍们离开，准备返回相模，向上杉清定复命。
当武田义统获知其父武田信丰死于非命之后，倒是不悲反喜，总算心中的一块巨石落了地。
不过，武田义统在表面上还要装出一副非常悲伤的样子示人，并表示要严惩杀害武田信丰的凶手。