由于总督江南、江北、浙江、山东、福建、湖广的杨宜并不熟悉扶桑的国情，对之前扶桑外交往事了解甚少，只是希望能够获得扶桑的协助，来一同打击横行大明东南沿海诸省的倭寇。
但杨宜所派遣的使者郑舜功并没有达成预期的目的，不仅没有见到‘扶桑国王’，甚至连拥有大明颁下扶桑国王金印的大内家家督都没有见到。
其实，扶桑早在洪武四年十月就与大明有着官方联系（《明太祖实录》），当时主导与大明进行外交、入贡、贸易等事务的是南朝坐镇九州，且担任征西大将军（征夷大将军）兼式部卿的怀良亲王（后醍醐天皇八男）。
当时南朝所面临的严峻政治、军事形势，使得怀良亲王为了能够继续与九州、西国之中北朝一方势力进行抗衡，不得不对大明的进行称臣入贡，以换取大明的支持，进而挽回南朝的颓势。
宋濂在《送无逸勤公出使还乡省亲序》中就说：“先是日本王统州六十有六，良怀（怀良）以其近属窃据其九，都于太宰府。”
明太祖朱元璋也云：“朕惟日本僻居海东，稽诸古典，立国亦有年矣。向者国王良怀（怀良）奉表来贡，朕以为日本正君，所以遣使往答其意。”（《明太祖实录》，洪武七年六月乙未）。
由此可见，对于南朝怀良亲王的奉表入贡，洪武君臣并非十分满意。其虽在形式上满足了明朝“四夷宾服”的需求，但在实质上却并未达到朱元璋意欲“深交”于扶桑的政治目的。因此，在与扶桑北朝方面尚未取得联系，及其正式奉表入贡之前，朱元璋虽然还是坚持赋予了怀良亲王“扶桑国王”的正统性称号，但也进一步强化了“表贡允合”的礼仪原则并多次对违礼者却而不受。可以说，在怀良亲王“扶桑国王”错误称号的背后，也隐含了朱元璋对扶桑北朝申交入贡的期待。
随着以斯波义将为首的重臣支持下，足利义持（足利义满之子）便断绝了与明朝的朝贡往来，导致倭寇袭扰大明沿海诸省是逐渐猖獗。
即便足利义持逝世以后，其弟足利义教几经波折后嗣位征夷大将军，还恢复了与大明的勘合贸易，并派遣使臣道渊等“奉表贡马，及铠甲、盔刀等方物”（《明宣宗实录》宣德八年五月甲寅），但依旧没有有效遏制或减少倭寇对大明东南沿海诸省的袭扰。
应仁之乱后，足利将军家对勘合贸易的控制力度大幅削弱。
加上经济困窘的原因，足利将军家退出了“公方船”的经营，转而将“勘合符”进行转卖，以收取勘合礼钱、谋求直接财源。此时足利将军家已经不再充当勘合贸易的主体，一些实力雄厚的地方大名开始走向前台。
其中，大内家控制了从濑户内海到大明的海路，京兆细川家则是控制了九州岛南部赴明朝的海路。
嘉靖二年（扶桑大永三年，1523年）六月，大内家派谦道宗设（谦导宗设）任正史，持正德勘合赴明朝贡。同时，京兆细川家也派鸾冈瑞佐、宋素卿等人，持弘治勘合到达宁波。市舶司检验时发现勘合有新旧之分，宗设与鸾冈产生孰真孰假的争执。
后宋素卿暗中行贿宁波市舶太监赖恩，不仅得以先进港验货，而且在安排宴饮席次时，又将鸾冈置于宗设之上。宗设愤愤不平，遂唆使手下攻杀鸾冈，随后一路“纵火大掠，杀指挥刘锦、袁琎，蹂躏宁绍间，遂夺舡出海去”。这次“宁波争贡”事件，对明朝与扶桑国交关系的演变，产生了极为重要的影响。
嘉靖六年（1527年）九月，嘉靖皇帝接受浙江巡按御史杨彝的建议，对扶桑入贡要按照旧例严格管理，“入贡以十年为期，徒众不得过百人，贡舡不得过三只，亦不许以兵仗自随······今后遣使入贡，务遵定例，如违，定行阻回”。
这是大明朝廷首次以主动强硬的姿态，对扶桑提出了“绝贡”的警告，并采取了一定必要措施，也表明大明朝官方“扶桑观”的渐趋恶化。不过，明廷此举的目的并不是要像洪武时期那样“绝而不与之交”，而是要求扶桑遵守“以小事大”规范和表现出“敬慎”的姿态。
也正是因为勘合贸易规模的急剧缩水，以及入贡间隔时间的延长，使得大内家的财政收入受到了极大的打击。
再加上，大内家治下领国的不断缩水，以及在与朝鲜方面贸易份额还被上杉家抢占，使得大内家本就窘迫的财政状况愈发的雪上加霜。
大内义长为了能够换取上杉家的支持，来与毛利家进行持续的抗争，不得不将大内家长期珍藏着的扶桑国王金印转赠给上杉清定。
为避免使者被毛利家截获，大内义长便以治下领国的天主教医师内田托马（内田托马斯，山口
首个皈依天主教之人）作为使者，让其携带扶桑国王金印，以及自己的求援信渡海北上至上杉家治下的于山国见岛，正式向上杉家请求支援。
从此刻起，失去扶桑国王金印的大内家再也不能以‘山口都督’的名号与大明、朝鲜进行外交、贸易了。
而大明这边，代替杨宜担任总督的是由赵文华推荐安徽省出身的浙江巡抚胡宗宪。
胡宗宪是被后人评论为“多权术，喜功名”的人物，早从担任巡抚的时候起就抱有平定倭寇的计策。此时，他不仅总督浙江、南直隶和福建等处的兵务，还可以调遣江南、江北、浙江等省的重兵。
与杨宜派郑舜功出使扶桑一样，胡宗宪也派遣部下蒋洲和陈可愿至扶桑，侦察扶桑国内情况，同时想方设法说服以王直为首的主要倭寇头目归降。因大明外交正式文书上都记为“谕扶桑国王”，所以表面上的第一个目的，是仿照明太祖洪武帝以来的传统与足利将军家进行交涉，令其禁止倭寇。
蒋洲似乎是与游侠之徒一起游手好闲地度过了青年时代，但他具有才气与智勇，被誉为“纵横之士”或“辩士”，是能说善辩的人物。蒋洲因万表的推荐得以与胡宗宪相见，又因向胡宗宪献上应去日本说服王直归降的方策，而被推荐为提举，担任去日本的正使。陈可愿定为副使。
蒋洲与陈可愿于嘉靖三十四年（扶桑弘治元年）九月出发，十一月到达北九州肥前的五岛。蒋洲等在这里遇到王直的养子王滶（毛海峰、毛烈），随后又得以与王直会见。
蒋洲、陈可愿等人便向王直说明胡宗宪与王直是同乡，王直的妻子在故国曾被关进监狱，胡宗宪把她从狱中救了出来，给予优待，以激起王直的望乡之情；还说明如果王直归国受降，就放宽海禁，允许开市贸易，不再问罪，以利诱之。
王直信以为真，大为喜悦，决定接受胡宗宪的要求，首先让王滶与陈可愿先行一步回国。王滶与陈可愿一行于嘉靖三十五年（扶桑弘治二年）四月回到大明国内。
蒋洲仍旧留在扶桑，希望与扶桑国王（征夷大将军）进行接触，王直亦予合作。
随后，王直与蒋洲一起经过博多，于嘉靖三十五年（扶桑弘治二年）四月抵达丰后，会见了大友宗麟，又派使僧向大内义长传达了宣谕扶桑的意向。
蒋洲本来认为宣谕的第一个对象是扶桑国王，但是根据王直、王滶等人提供的情报，觉察到即使与现任征夷大将军接触也不能期待有很大的成果。蒋洲便认为说服大友家、大内家等实力派大名之外，还要说服与倭寇有关系的对马宗家等诸大名，才是更为高明的方针。
对马宗家一有关于倭寇的情报，就紧急报告朝鲜高层，已成常例——弘治二年（嘉靖三十五年）四月也按照常例向朝鲜报告了关于王直的情报。这一年的四月与王直到达丰后的同时，对马宗家的使者到达朝鲜，报告叫作五峰的明国人（王直）作为阿波、伊予、赞岐、土佐与五岛贼倭的首领，将入寇明朝与朝鲜。报告中还陈述了去年五月到七月袭击朝鲜南部沿海达梁浦与济州岛，直至攻陷兵马节度使总部的乙卯达梁倭变的海贼集团根据地是五岛，中心人物是王直，并告知有两位大人从明朝带敕书来到扶桑。很明显两位大人是指蒋洲与陈可愿。
对马宗家在弘治三年（嘉靖三十六年）三月又向朝鲜报告，蒋洲还给对马宗家送来了要求必须努力禁贼的咨文。
当然，王直还将实力远超大友家、大内家、对马宗家等西国、九州大名，且占据扶桑东半国之地的上杉家部分情报告知蒋洲。
原本，蒋洲还对上杉家占据扶桑半国之地将信将疑，可随着出使大内家本据山口馆的使僧返回后，他才意识到，若想有效遏制倭寇的行为，必须要借助上杉家的力量。
于是，在王直的安排下，蒋洲得以渡海北上至上杉家治下的外海飞地郁陵岛。
鉴于蒋洲的特殊身份，弘中方明、冷泉元丰、小原隆言、莅户政乔、平冈重政、小仓家房等上杉家家臣们可不敢擅自做出任何决断，便将蒋洲与先前大内家派来的使者内田托马一并经海路送往越后颈城郡直江津，再走陆路南下至上杉家本据小田原城。
另一方面，新任兵部左侍郎兼都察院左佥都御史、直浙总督的胡宗宪在稳住王直之后，就着手开始对付徐海了。
尽管徐海本人是有意接受大明朝廷的招抚，但是陈东、叶麻和倭寇头目等不愿归降，决定返回扶桑，在临行前，双方在分赃问题上产生了争执。
加上之前叶麻和徐海围绕一个叫做祝妇的女子争风吃醋，使得徐海怀恨在心，在罗龙文等胡宗宪派出间谍的教唆下，徐海在七月三日的
饯别宴上，将洪东冈、黄侃等大明出身的倭寇头目捕获，送至胡宗宪处。同时以讨赏的名义，逮捕了叶麻的几百名部下，移交给明军。
而后，徐海又诱捕了倭寇头目陈东，并转交给明军。
之后，徐海入平湖城向胡宗宪请降。城中的官员和百姓听说徐海进城都吓得惊慌失措，唯胡宗宪镇定自若。徐海向胡宗宪谢罪，胡宗宪走下大堂，用手摸着徐海的头顶说：“你为害东南很久了，既然归顺，朝廷暂且赦免你，不要再做坏事了。”
末路其后，徐海率众屯于平湖城外的沈家庄。
虽说胡宗宪有意招抚徐海，但是在赵文华等人的劝说之下，最终决定将其消灭。
胡宗宪一边稳住徐海，一边加紧部署兵力。而徐海也感到官军可能会出尔反尔，便大肆招揽附近的青壮年，充当部下，决心与明军决一死战。
嘉靖三十五年，八月。胡宗宪发起了剿灭徐海的最终战役。
徐海等人占据沈家庄后，沈家庄有新旧二宅，徐海居沈家庄旧宅为“东巢”，叶麻等人居新宅为“西巢”。
八月二十二日，兵备副使刘焘率部包围西巢，下令将发熕炮十二门排列水边，或打敌台，或打门墙，可谓是声势震天。
第二天二更时分，叶麻麾下的倭寇支撑不住，被迫放弃西巢而逃，明军趁势攻入西巢，并将其焚毁。
随后，刘焘又督兵搭桥过水，进逼东巢。
然而，据守在东巢的徐海所部火器众多，并在东巢南门架设发熕炮。
据明人采九德《倭变事略》载：“二十四日，军门（胡宗宪）督诸路主客兵凡二十余支，围徐海数重。贼放发熕，以银塞熕口，火发银如星飞，中人中土中水，如雨鸣。众皆不能进。”
徐海的火力是十分猛烈，明军丝毫不敢靠近。
就在这时，刘同尹亲率轻兵七十人进攻南门，被倭寇使用发熕炮压制，炮弹甚至落在离刘同尹一尺多的距离，但刘同尹不为所动，反而是向倭寇连发三矢，迫使使用发熕炮的倭寇逃离，这才攻破了南门。
八月二十五日，各路明军正式发起总攻，徐海力不能支而战败，部众被官兵擒斩一千两百余人，烧死者不计，倭寇头目辛五郎等人也被明军擒获。
最终，徐海与倭寇数十人，因抵抗无望，投水而死。徐海的爱妾王绿姝、王翠翘则是被俘。
由于王翠翘曾经一再劝说徐海弃暗投明，但最终却让徐海死于非命。她在万念俱灰的情况下，于深夜里乘人不备投海自尽了。