自承久之乱以后，皇室、朝廷的威望、实权便跌落谷底，再也没有资本去与武家进行抗争。
即便后醍醐天皇依靠足利尊氏、新田义贞、楠木正成等武将倒幕成功，并实行了建武新政，让朝廷短暂恢复了一些实权，但很快就因利益分配问题与以足利尊氏为首的武家产生对立，进而引发了南北朝混战，从此朝廷开始一蹶不振。
除去扶桑神话时代被指认为朝敌之人外，到目前为止也就只有藤原仲麻吕、淳仁天皇（淡路废帝，后见役为藤原仲麻吕）、阿弖流为（虾夷人）、平将门、藤原纯友、崇德上皇、藤原赖长、源义经、藤原泰衡、北条义时、北条高时、北条时行、足利尊氏、新田义贞、楠木正成、大内义兴这十六人。
然而，并不是所有被指认为朝敌之人都会遭到群起而攻之。
其中，镰仓幕府执权北条义时在被指认为朝敌后，就调集十九万余的大军，兵分三路上洛，不仅将兵力寡少的官军一举击败，还将指认自己为朝敌的后鸟羽上皇流放隐岐、顺德上皇流放佐渡、土御门上皇流放土佐国、雅成亲王（后鸟羽上皇之子）流放但马、赖仁亲王（后鸟羽上皇之子）流放备前，甚至还废黜仲恭天皇（顺德上皇之子），拥立后鸟羽上皇之兄哥守贞亲王之子茂仁王为新的天皇，是为后堀河天皇；
北条时行在南北朝时期协助南朝一方，连同其亡父北条高时也被后醍醐天皇所赦免；
大内义兴在被指认为朝敌后，就纠集西国绝大部分的大名、国人领主们拥立失势的足利义尹（足利义稙）上洛，在率军击败足利义澄、细川澄元二人后，将他们流放出山城，朝廷不仅撤销了其朝敌的指认，还授予其从四位上的位阶，并给其亡父大内政弘追赠从三位的位阶。
六角义贤深知安藤守就、稻叶一铁、氏家卜全、竹腰尚光等站在己方的那些西美浓诸将有几斤几两，他们根本不可能在上杉家大军的攻势下支撑多久，一旦上杉家压制了美浓全境，之后必然会势如破竹般攻入近畿之地。那么，首当其冲的便是自己治下的近江了。
尽管三云成持、三井将鹤、望月吉栋、百地三太夫等人已然察觉多罗尾家、藤林家有暗中勾结上杉家的迹象，并先后将此事密报给六角义贤，但六角义贤并没有将此事放在心上。
毕竟，眼下正是六角家用人之际，万一是上杉家的反间计怎么办？一旦错杀忠臣，将会给六角家带来无法挽回的巨大损失。
当初，若不是有甲贺、伊贺的忍者们鼎力相助，六角家如何能够击败足利将军家的讨伐？如何才能在南近江诸郡站稳脚跟？
六角义贤自认为上杉家才压制奥羽两州、虾夷地不久，在人心未附、立足未稳的情况下就贸然发起大规模的上洛，若是能尽快将其指认为朝敌，便极有可能迫使伊达家、大崎家、葛西家、三户南部家、桧山安东家、下国安东家、户泽家、小野寺家、松前家、浅利家、浪冈北畠家等上杉家旗下奥羽两州、虾夷地的大名、国人领主们离心离德，不再支持上杉家。如此一来，上杉家必然会因后方不稳而被迫撤军，或延缓攻势。
眼见足利义辉、细川氏纲二人将上杉清定指认为御敌后没有丝毫影响，以及时任关白近卫前嗣带着一族之人经朽木谷逃入若狭，六角义贤顿时意识到事态不妙，随即将北伊势前线的指挥权交给家中重臣后藤贤丰、蒲生定秀、吉田重政（六角义贤弓术师范）等人，自己则是赶回了京都，与足利义辉、三好长庆、细川氏纲、仁木义视、赤松晴政等人进行商议迫使朝廷指认上杉清定为朝敌之事。
此时的细川氏纲比起足利义辉还不及。
足利义辉这个征夷大将军、武家栋梁至少还有一些奉公众、足轻众效命，反观取代细川晴元就任管领之职的细川氏纲，不仅失去了京兆细川家的所有直领，代官、奉公人也大量转仕三好家，完全成了一个光杆司令，只能配合三好长庆在政令、相关文书上进行署名罢了。
此次，细川氏纲参与议事只是走个过场，只能附和正担任京兆细川家家宰的三好长庆。
令参会所有人都感到震惊的是，三好长庆已然从弟弟、儿子接连逝世的悲痛走出来。
自从三好义兴战死沙场后，三好长庆一下子就衰老了十岁不止，显出鬓发苍苍、皱纹丛生的模样。
但此时的三好长庆双目倒是炯炯发亮，还显出几分阿波武士罕见的睿智深沉。
原本，世人皆认为三好长庆失去了三好义兴、三好实休、十河一存、野口冬长等三好家支柱后开始家运衰歇、已临末路。除了长年受其恩惠者外，已无真心实意追随三好家之人。
当足利义辉、细川氏纲、六角义贤、仁木义视、赤松晴政等人看到三好长庆如今的精神面貌后，算是有了继续与上杉家抗争的底气。
虽说仁木义视、赤松晴政分别是担任一国、两国守护职，但实际能有效统治的地区非常有限。此次他们也与细川氏纲一样，来走个过场，分别支持六角义贤、三好长庆所提出的观点。
仁木义视若不是有六角家在背后撑腰，伊贺的上忍三家（服部家、百地家、藤林家）、十二人众会让其稳坐伊贺守护之位？
而赤松晴政若是没有三好家的支持，恐怕都很难压制以小寺家、别所家、备前守护代浦上家等备前、播磨两国的有力国人领主们。
“京公方殿、细川右京兆尹殿、三好匠作大尹（修理大夫唐名）殿明鉴，现如今上条清定号称调集五十万大军兵分三路上洛，仅仅依靠在下、朝仓家、织田家、西浓州诸将、长岛一向一揆众等己方是远远不够的。只有将其指认为朝敌，才能让其家中发生动摇，进而延缓其攻势。届时，再调略奥羽两州、虾夷地等归附上条清定不长的诸侯对其群起而攻之。如此才能化解危急的形势。”肥头大耳的六角义贤率先将自己的见解说出，还不忘蔑称上杉清定为上条清定。
“六角左京兆尹，余何尝不知？！即便近卫博陆（关白唐名）已举族逃往狭州，朝中支持上条清定之人也不在少数。让天子指认其为朝敌，谈何容易！”足利义辉在听完六角义贤的话后，不禁冷笑了一下说道。
“眼下事急从权，顾不得朝中与天子一致同意了。”六角义贤胸有成竹的说道。
“六角左京兆尹，你该不会是打算矫诏指认上条清定为朝敌吧？”这时，三好长庆冷森森的问道。
“三好匠作大尹殿何出此言？在下可从未有过这种想法，只不过是想尊当今天子为上皇罢了。”六角义贤随即将自己的打算告知众人。
“你说什么？！”不单单是足利义辉、三好长庆，就连一旁参会充数的细川氏纲、仁木义视、赤松晴政等人也都瞪大了双眼，皆一脸难以置信的看着六角义贤。
“诸位勿虑，我等只是尊天子为上皇，将其迁至黑户御所，让东宫方仁亲王即位。而方仁亲王居于深宫之中，与上条清定之间的关系并不深，我等便可奏请新天下指认上条清定为朝敌，号令天下诸侯对其群起而攻之。”六角义贤说完还不忘露出阴森的笑容。
“六角左京兆尹，此举过于大逆不道，稍有不慎，追悔莫及！”足利义辉连连摇头，他并不赞同六角义贤的提议。
“京公方殿，六角左京兆尹之策可以一试，眼下若是继续迟疑不决，上杉军的兵力可是在与日俱增，请尽快做出决断！”三好长庆倒是将皮球踢给了足利义辉，他本人虽然没有直接表态，但并没有反对六角义贤的提议。
“这······”足利义辉顿时为难起来，这毕竟是大逆不道之举。曾经，平清盛于治承三年悍然率军将整个京都封锁起来，并将后白河法皇软禁，扶持自己的外孙言仁亲王即位，是为安德天皇。
可是，此时的足利将军家连守备室町御所、二条御所两地都显得捉襟见肘，哪里还有余力去封锁整个京都？就连禁里御所都无法完全封锁。
眼下，上杉家已经有了一统五畿七道的雏形，就连尼子家、岛津家等西国、九州的有力大名都与其交往甚密。
做决断是世上最难得选择，会有各方各面的声音，会有各种各样的合理性，而且你听上去，似乎谁的话都有理。
在经过再三权衡后，足利义辉总算开口了：“三好匠作大尹、六角左京兆尹，你们有多大的把握？”
“京公方殿明鉴，臣家中之人本就负责雍州之地的防务，有六角左京兆尹之助，自然事半功倍。”三好长庆看得出来足利义辉是担心后奈良天皇会像后白河法皇在源平争霸之时那样趁乱逃出京都，随即表态让其安心。
“三好匠作大尹殿所言甚是，在下家中的甲贺众、伊州众能人异士数不胜数。说句不中听的，若非甲贺众、伊州众效力，六角一族早就在长享元年被将军家攻灭了。”六角义贤提醒了一下参会众人可别忘了足利将军家第九代将军足利义尚在钩之阵中暴毙的往事。
“那余就将此事交给三好匠作大尹、六角左京兆尹你们二位了，别让天子受惊。”足利义辉一听到钩之阵这个词就顿时脸色铁青起来。
要知道，足利将军家就是因为在钩之阵讨伐六角家失败，让应仁之乱后好不容易恢复一些的威权尽数丧失，也让足利将军家再也没有能力组织起超过两万规模的奉公众。
“臣遵命。”
随后，六角义贤就从旗下甲贺五十三家之中挑选出家格、地位较低的相场河内守、岩根勘兵卫、夏见角助、佐治三郎、黑川与四郎等人负责执行封锁禁里御所的任务，并交代他们不得让后奈良天皇逃离御所。
至于三好家这边，三好长庆则是让留守于芥川山城的三好长逸、三好政康、岩成友通三人调集一万余摄津众，以出兵若狭为名开入京都，准备接受足利义辉的御马揃。
弘治三年，九月五日，深夜。
三好家、六角家在万事俱备后，在三好长庆的一声令下，一万余三好·六角联军正式发起了对禁里御所的突袭。其中，三好军负责包围封锁禁里御所，六角军负责清除抵抗的北面武士、西面武士，以及找到后奈良天皇所在之处。
朦胧秋月，被天上的层云遮挡住，远处的九洲池水声拍岸，西风从明堂呼啸而至，冷清的禁里御所之中，秋虫在石阶下鸣声交织。突然间，惨叫声不断传至禁里御所深处，又很快归于寂静。
被突然惊醒的后奈良天皇惶恐不安的在女官的协助下，准备逃出禁里御所。
但此时的禁里御所周边早就被三好·六角联军团团包围起来，根本没有任何逃出的机会。
最后，后奈良天皇只能退入正殿清凉殿（进行论政议事或赐宴之处）之中，身边仅有伊予局（壬生雅久之女，曼殊院门迹、北野天满宫别当觉恕法亲王之母）、王氏（常盘井宫恒直亲王之女）两名宫人。
没过多久，就有十余名身着漆黑夜行衣，蒙着脸，手持忍刀的忍者进入了清凉殿之中。
作为皇室出身的宫人王氏见状，立即将后奈良天皇挡在自己的身后，并对这些擅自闯入清凉殿之人进行呵斥：“大胆贼人，你们持利刃闯入清凉殿难道是想弑君吗？！”
“我等是奉命行事，请天子迁至黑户御所暂住。”为首的相场河内守并没有因王氏的呵斥而感到畏惧，反而是向后奈良天皇行了一礼后说道。
“天子的居所岂能是你们这群宵小之辈所决定的？！西面武士何在？！北面武士何在？！”王氏丝毫没有退缩之意，随即高声吼道。