因为，伊势北畠家自从支持后醍醐天皇与足利将军家进行抗争后，就一直不认同持明院统一脉的北朝天皇。
要知道，就算南朝被北朝统一，伊势北畠家也没少拥立南朝皇嗣向北朝举起反旗。
作为后醍醐天皇亲信重臣的北畠亲房之子北畠显能，自正平以来就多次参加对京都的争夺战，而后还据守在伊势的多气郡一带，于弘和三年（永德三年，1383年）去世。其子北畠显泰继承父业，继续与北朝一方进行抗争，被南朝任命为伊势国司。
伊势离吉野不远，在这里，九鬼家、爱洲家、纪伊熊野家、三鬼家、鬼头家等海上势力频繁出入伊势大凑和志摩泊浦等航路要地，因为他们的协助，南朝势力才得以保存。
当时，伊势北畠家控制了伊势云出川以南之地，与足利将军家所任命的守护土岐赖康、土岐康行等人展开抗争，但在南北朝统一以后，他们与幕府的关系变得十分微妙，很长时间里一直保存着自己的势力。
至于明德三年（元中九年，1392年），南北统一的条件主要有三项：一、通过“让国之仪”归还南朝方手中的“三神器”；二、今后以“两朝御流相代”的形式继承皇位；三、天皇家领中，诸国国衙领由大觉寺统继承，长讲堂领由持明院统继承。
除了最后一项是经济问题以外，前两项都是有关南朝正统性的条件。
只是，时任征夷大将军、武家栋梁的足利义满最后并没有履行这些条件，加上北朝公卿也相当敌视南朝大觉寺统一脉的皇嗣。
其中，一条经嗣就在日记中提到——“这个尊号真是前所未有的稀罕事”，直言批评足利将军家没有断绝后醍醐天皇的血脉。
半个世纪之后，这件事被列举为“未承帝位之人获得尊号之例”，可见北朝的大部分公卿并不认为后龟山是天皇，也不承认南朝是皇统。
尽管当时北朝公卿大部分持反对态度，但至少有足利义满的的压制，还是尽力接收了南朝一方，使扶桑在形式上结束了分裂，得以一统。
足利义满为何会选择以和平的方式结束南北朝呢？
首先，某种势力能代替天皇行使职权，不受足利义满掌控且能为反抗现状的人提供名分，这种状况显然不是他乐见的。
而且，足利义满还意识到，要想通过接纳南朝一方来切断这种反抗的源泉，将其纳入自己的掌控，不是只能依靠武力实现，而是有可能通过政治来实现，其媒介就是以正统性为主题的“物语”。
但是，足利义满的这种认识和意图恐怕并不是北朝方众人所共有的。
关于接收南朝的条件，足利义满事先并未与北朝方的公卿们进行认真沟通，这可以从三神器的让渡仪式、尊号问题等各个方面中都可窥见。恐怕足利义满本人也并未在事先做过详尽的设想。这些事件最后还是引发了不少的动乱。
当时的足利义满只求延续平安无事，并没有力排众议去实现南朝方所提出的条件。
至少在足利义满在位时期，旧南朝势力并未公开进行反抗，可以说足利义满的意图暂时算是达成了。
这种胶着状况是在义满去世后才被打破的。
足利义满死后两年左右，于应永十七年（1410年）三月，后龟山法皇就拜访了足利义满的继承人足利义持，同年十一月离开嵯峨，前往南朝故地吉野。
此前一年，成仁王进入东寺地藏院，不再是皇嗣候补，小仓宫恒敦的动向虽然不明，但从这个时期开始，出现了立后小松天皇皇子为嗣的动向。
在这种情况下，后龟山法皇拜访足利义持，就是意图与之进行谈判，希望其能够达成条件。
只是，后龟山法皇与足利义持未能达成协议，且得知皇统迭立无望，便选择了突然出走。在传奏广桥兼宣的斡旋下，后龟山法皇在六年后，于应永二十三年返回了嵯峨。
但在后龟山法皇出走期间，后小松天皇的皇子躬仁被敕封为亲王，践祚并即位（称光天皇，追号由称德、光仁这两个谥号合而为一）。
鉴于新皇趁大觉寺统上皇不在的时候践祚即位，导致南北统一的条件被公然废除。
第三代伊势北畠家家督北畠满雅便应小仓宫一脉的南朝皇嗣所请，向北朝举兵反抗。
随着后奈良天皇死于非命，以及持明院统旁系伏见宫一脉出身的伏见宫邦辅亲王被三好长庆、六角义贤二人拥立为帝，就让北畠晴具、北畠具教父子二人便意识到达成列祖列宗遗愿的时机已至，便派遣家老真柄孝吉作为使者，前去出使上杉军本队本阵所在的骏府城，希望上杉清定能够拥立伊势北畠家世代家督庇护的小仓
宫一脉皇嗣为帝。
因长禄之变，赤松家遗臣上月满吉、石见太郎、丹生屋带刀等人为了恢复赤松家的家名，获得了后花园天皇的纶旨、时任征夷大将军足利义政的御教书，就假托“臣从”的名义，而偷袭了位于大和、纪伊两国境目地带的北山村，将自天王（尊秀王）、忠义王兄弟暗杀，重创了以此地为根据地的后南朝势力，甚至还夺走了神玺。
因此，在嘉吉之乱一度断绝的赤松家得以在赤松政则的手中复兴，还被授予了加贺北半国守护职。
伊势北畠家深知足利将军家与持明院统一脉的天皇为了对南朝皇嗣斩尽杀绝而不择手段，为保全小仓宫一脉能够继续延续下去，之后的历任伊势北畠家家督便选择了暗中藏匿，让足利将军家与持明院统一脉的天皇以为小仓宫一脉已经绝嗣。
现如今，小仓宫一脉中已经元服的只有恒圣一人。
小仓宫恒圣是出自小仓宫恒敦的四男尊雅王（南天皇）之后，为了励志夺回属于大觉寺统一脉的皇位，他便从先祖小仓宫恒敦、小仓宫圣承的名讳中各取上字为名。