故事开始，有个叫林葵的法医助理。实习第一天，她来到废弃殡仪馆。她含住骨哨一吹，嘿，那废弃殡仪馆的钢化玻璃上突然就爬满了蛛网状的裂痕。林葵哪能想到啊，实习第一天就得用家传秘术唤醒停尸房的尸体，准确地说，是唤醒尸体里沉睡的亡灵。 “汪！”正这时候，传来一阵犬类的低吼，冷藏柜3 - 17号抽屉“哐当”一下自动弹出来了。裹尸袋剧烈地蠕动，然后钻出一只皮毛溃烂的杜宾犬，那腐肉间还缠绕着荧光绿的菌丝。这杜宾犬啊，是林葵豢养了七年的“宠物”，是用殡仪馆无人认领的动物尸体炼制的骨犬。 这时候，林葵的手机屏幕亮了，上面显示着：【药厂监控已破解，速来】。骨犬“哐当”一下撞碎后窗，跃入雨幕之中。林葵眼尖，瞥见骨犬腐烂的胸腔里，母亲遗留的银十字架正泛着幽光。这银十字架可不得了，是三年前母亲失踪案的关键证物，这会儿居然嵌在这具实验动物尸骸中。
林葵跟着骨犬来到城郊松树林深处。突然，骨犬对着一处土丘狂吠起来。林葵过去一瞧，腐殖质下面埋着半截注射器，那针头残留的荧光液体和殡仪馆动物尸体的特征一模一样。林葵赶紧动手挖开土堆，发现菌丝包裹的玻璃罐里漂浮着数十个大脑，每个大脑都连接着细如蛛丝的绿色菌络。 “原来在这里。”这时候，一个穿着防护服的男人举着枪慢慢逼近，他胸牌上印着“康诺生物首席研究员”。林葵一眼就认出他了，监控显示他曾在暴雨夜把昏迷的母亲拖进实验室，他可是母亲生前最后接触的人。 骨犬一看这情况，“嗷”的一声就扑了上去。可这男人眼疾手快，按下了遥控器。只听“轰隆”一声，地面突然塌陷，林葵“扑通”一下就坠入地下实验室。实验室里培养舱里漂浮的躯体可把林葵吓得够呛，六个全身插管昏迷的人当中，居然有她三年前宣告死亡的母亲。母亲的颅骨被切开，脑组织上爬满了发光菌丝。
林葵拿起解剖刀，划开实验体的胸腔。嘿，还真让她给破译了菌丝密码。原来这些变异冬虫夏草已经把宿主改造成活尸了。再仔细一看母亲太阳穴的十字形伤口，和殡仪馆动物尸体的致命伤一模一样，原来那银十字架就是凶器。 “你母亲自愿参加脑机接口实验。”研究员在监控里狞笑着说，“可惜她的意识太顽固，只能做成菌丝电池。”他这话刚说完，培养舱突然“砰”的一声爆裂，绿色液体裹着脑组织喷涌而出，在林葵手背烙下一个十字疤痕。 骨犬发出一声悲鸣，这时候，殡仪馆方向传来连绵不断的柜门撞击声。林葵一咬牙，咬破指尖在骨哨上刻下血符。神奇的事儿发生了，整座城市的流浪动物尸体同时暴起，眼窝里摇曳着和菌丝同色的磷火。
康诺大厦被尸群包围了，这时候林葵正用手术刀挑出母亲脑中的菌丝。每切断一根菌络，监控画面里的研究员就抽搐一次，原来他的神经系统早已和实验体共生了。 “停手！”研究员咳出带菌丝的血液，大喊道，“你母亲意识还活着！”林葵把骨哨抵住太阳穴，通过菌丝共感看到了真相。母亲被囚禁在数字牢笼里，每天都重复着被开颅的痛苦记忆，其他五名实验体也都是失踪案的受害者。 就在这时候，骨犬突然“咔嚓”一口咬断实验室电缆。顿时一片黑暗，六个培养舱接连爆开，菌丝像活物一样缠住研究员。林葵听见母亲的声音通过菌络传来：“好孩子，把哨子插进他的延髓。”
消防队赶到的时候，康诺大厦已经变成一片菌菇森林了。林葵坐在顶楼办公室，看着掌心跳动的菌丝心脏，那可是研究员最后的活体组织。骨犬乖乖地伏在她脚边，嘴里叼着插满菌丝的银十字架。 “该回家了。”林葵说着，吹响了骨哨。城市各处的尸群同时僵直，菌丝从它们体内抽离，在夜空汇成一条绿色银河，最终注入母亲残破的躯体。当第一缕阳光穿透菌幕时，母亲坐起身来，瞳孔已经变成菌丝状，还轻轻哼起林葵幼时的摇篮曲。
三个月后，城南墓园新立了七座墓碑。守墓人总在深夜看见一个穿白大褂的少女，身边跟着眼冒绿光的杜宾犬。有人还目睹她们走进停尸房，第二天就会有无名尸体自动爬进焚化炉，骨灰坛上留着荧光菌丝拼成的十字架。这故事啊，也就这么结束啦。